Meteen vanaf de eerste minuten in de sessie was het Bendsneyder die bovenaan de tijdschermen te vinden was. De Nederlander zette al vroeg een snelle ronde neer waarna hij veel ronden in een hoog tempo reed. In de laatste minuten begon de zon te schijnen en ontstond er een droog spoor op de baan. Hierdoor versnelde Jorge Martin en nam de eerste plaats van Bendsneyder over. De Nederlander vocht echter terug en zette zijn allersnelste ronde neer, tot grote blijdschap voor het Nederlandse publiek. Helaas wist Martin in zijn laatste ronde een nóg snellere ronde te rijden en behaalde daarmee zijn zesde pole positie van het seizoen. Bendsneyder mag zondagmiddag de race vanaf de tweede plaats beginnen, zijn beste kwalificatie ooit. Nicolo Bulega zal starten vanaf de derde plaats. Red Bull KTM Ajo teamgenoot Niccolò Antonelli begon pas laat aan zijn kwalificatie aangezien de Italiaan pas laat terug kwam van de Clinica Mobile. Antonelli kwam in de ochtend tijdens FP2 hard ten val en blesseerde daarmee zijn schouder. De Italiaan wist de 25e tijd te noteren. Ook deze sessie op het TT Circuit werd gekenmerkt door veel valpartijen. Marco Bezzecchi, Fabio Di Giannantonio, Marcos Ramirez, Patrik Pulkkinen, Joan Mir, Jules Danilo, Ayumu Sasaki, Juanfran Guevara, Gabriel Rodrigo, Niccolò Antonelli en Kaito Toba gingen allemaal onderuit.
Tijden kwalificatie:
| POS | Rider | TEAM | Fastest lap |
| 1 | Jorge MARTIN | Del Conca Gresini Moto3 | 1’57.595 |
| 2 | Bo BENDSNEYDER | Red Bull KTM Ajo | 1’58.424 |
| 3 | Nicolo BULEGA | SKY Racing Team VR46 | 1’59.308 |
| 4 | Nakarin ATIRATPHUVAPAT | Honda Team Asia | 2’00.056 |
| 5 | Marco BEZZECCHI | CIP | 2’00.189 |
| 6 | Aron CANET | Estrella Galicia 0,0 | 2’00.560 |
| 7 | Joan MIR | Leopard Racing | 2’00.673 |
| 8 | Tony ARBOLINO | SIC58 Squadra Corse | 2’00.713 |
| 9 | Manuel PAGLIANI | CIP | 2’00.826 |
| 10 | Tatsuki SUZUKI | SIC58 Squadra Corse | 2’00.926 |
| 11 | Adam NORRODIN | SIC Racing Team | 2’01.004 |
| 12 | Gabriel RODRIGO | RBA BOE Racing Team | 2’01.080 |
| 13 | Jakub KORNFEIL | Peugeot MC Saxoprint | 2’01.092 |
| 14 | Jules DANILO | Marinelli Rivacold Snipers | 2’01.125 |
| 15 | Romano FENATI | Marinelli Rivacold Snipers | 2’01.125 |
| 16 | Maria HERRERA | AGR Team | 2’01.197 |
| 17 | Enea BASTIANINI | Estrella Galicia 0,0 | 2’01.279 |
| 18 | Livio LOI | Leopard Racing | 2’01.357 |
| 19 | John MCPHEE | British Talent Team | 2’01.510 |
| 20 | Patrik PULKKINEN | Peugeot MC Saxoprint | 2’01.525 |
| 21 | Fabio DI GIANNANTONIO | Del Conca Gresini Moto3 | 2’01.627 |
| 22 | Ayumu SASAKI | SIC Racing Team | 2’01.658 |
| 23 | Marcos RAMIREZ | Platinum Bay Real Estate | 2’01.749 |
| 24 | Lorenzo DALLA PORTA | Mahindra Gaviota Aspar | 2’01.796 |
| 25 | Niccolò ANTONELLI | Red Bull KTM Ajo | 2’01.855 |
| 26 | Philipp OETTL | Südmetall Schedl GP Racing | 2’02.141 |
| 27 | Andrea MIGNO | SKY Racing Team VR46 | 2’02.642 |
| 28 | Darryn BINDER | Platinum Bay Real Estate | 2’02.767 |
| 29 | Ryan VAN DE LAGEMAAT | Lamotec Lagemaat Racing | 2’03.629 |
| 30 | Juanfran GUEVARA | RBA BOE Racing Team | 2’03.715 |
| 31 | Raul FERNANDEZ | Mahindra Gaviota Aspar | 2’04.397 |
| 32 | Kaito TOBA | Honda Team Asia | 2’05.736 |
Bron: motogp.com, racesport.nl, ajo.fi
