Als derde klasse was het zaterdagmiddag in Portimão de beurt aan de Moto2 klasse voor hun twee kwalificatie sessies. In Q1 waren het Somkiat Chantra, Albert Arenas, Cameron Beaubier en Xavi Vierge die zich als snelste vier alsnog wist te plaatsen voor Q2. Dat lukte Bo Bendsneyder dit keer niet, de Nederlander die na een teleurstellende eerste dag ook zaterdag geen moment het goede gevoel wist te vinden, noteerde in Q1 slechts de twaalfde rondetijd. Met deze rondetijd kwalificeerde Bendsneyder zich als zesentwintigste voor de race van zondag. Tijdens Q2, de beslissende kwalificatiesessie waarin de beste 18 startplaatsen voor de zondag te verrijden race te verdelen ware, was het Sam Lowes die met een snelste ronde van 1’42.901 het snelst was en daarmee zijn derde Moto2 pole van 2021 veiligstelde. Achter de Brit kwalificeerden Remy Gardner en Vierge – die zich via Q1 alsnog had weten te plaatsen voor Q2 – als tweede en derde. De vierde startplaats werd een prooi voor de Japanner Ai Ogura gevolgd door Marco Bezzecchi, Augusto Fernandez, Arenas, Joe Roberts, Aron Canet en Raul Fernandez.
#64 Bo Bendsneyder – P26 -1.44,773
“Na een moeilijke eerste dag, waar ik geen gevoel had met de voorkant van de motor, was ook dag twee erg lastig. Tijdens FP3 leek het gevoel iets beter en dachten we dat we een kleine stap voorwaarts hadden gemaakt. Jammer genoeg voelde het tijdens de kwalificatie weer een stuk minder goed. Ik moet morgen starten vanaf een 26e plek, maar zal er alles aan doen om mezelf naar voren te knokken!”
Tijden Q1 & Q2 gecombineerd:
| Pos | Rider | Team | Fastest lap |
| 1 | Sam LOWES | Elf Marc VDS Racing Team | 1’42.901 |
| 2 | Remy GARDNER | Red Bull KTM Ajo | 1’42.924 |
| 3 | Xavi VIERGE | Petronas Sprinta Racing | 1’43.075 |
| 4 | Ai OGURA | IDEMITSU Honda Team Asia | 1’43.121 |
| 5 | Marco BEZZECCHI | SKY Racing Team VR46 | 1’43.170 |
| 6 | Augusto FERNANDEZ | Elf Marc VDS Racing Team | 1’43.259 |
| 7 | Albert ARENAS | Solunion Aspar Team | 1’43.304 |
| 8 | Joe ROBERTS | Italtrans Racing Team | 1’43.314 |
| 9 | Aron CANET | Solunion Aspar Team | 1’43.359 |
| 10 | Raul FERNANDEZ | Red Bull KTM Ajo | 1’43.389 |
| 11 | Somkiat CHANTRA | IDEMITSU Honda Team Asia | 1’43.454 |
| 12 | Hector GARZO | Flexbox HP40 | 1’43.472 |
| 13 | Cameron BEAUBIER | American Racing | 1’43.475 |
| 14 | Jake DIXON | Petronas Sprinta Racing | 1’43.664 |
| 15 | Nicolò BULEGA | Federal Oil Gresini Moto2 | 1’43.676 |
| 16 | Fabio DI GIANNANTONIO | Federal Oil Gresini Moto2 | 1’43.744 |
| 17 | Marcos RAMIREZ | American Racing | 1’43.841 |
| 18 | Yari MONTELLA | Lightech Speed Up | 1’44.003 |
| 19 | Marcel SCHROTTER | Liqui Moly Intact GP | 1’43.523 |
| 20 | Stefano MANZI | Flexbox HP40 | 1’43.772 |
| 21 | Lorenzo DALLA PORTA | Italtrans Racing Team | 1’43.778 |
| 22 | Thomas LUTHI | Pertamina Mandalika SAG Team | 1’43.993 |
| 23 | Celestino VIETTI | SKY Racing Team VR46 | 1’44.195 |
| 24 | Lorenzo BALDASSARRI | MV Agusta Forward Racing | 1’44.269 |
| 25 | Tony ARBOLINO | Liqui Moly Intact GP | 1’44.462 |
| 26 | Bo BENDSNEYDER | Pertamina Mandalika SAG Team | 1’44.773 |
| 27 | Hafizh SYAHRIN | NTS RW Racing GP | 1’44.908 |
| 28 | Miquel PONS | MV Agusta Forward Racing | 1’46.176 |
| 29 | Fraser ROGERS | NTS RW Racing GP | 1’46.753 |
| 30 | Jorge NAVARRO | Lightech Speed Up | 1’49.000 |
Bron: motogp.com, racesport.nl, stopandgo.es
